Если вы не используете движок InnoDB в mysql (не уверены используете или нет = не используете) добавте в конфигурационный файл mysql (C:\mysql\bin\my.ini или /etc/mysql/my.cnf) в секцию [mysqld] комманду для отключения InnoDB.

[mysqld]
skip-innodb

В моём случае (ubuntu 8.04) mysql стал потреблять виртуальной памяти почти на 100M меньше.